Les partenariats entre la recherche publique et les entreprises

La recherche partenariale reste peu développée, et ses impacts sur l’économie française sont difficiles à caractériser
La recherche partenariale demeure mal connue et peu développée en France. Faute de recensement exhaustif et de définitions harmonisées, son volume est difficile à mesurer, même si les pôles universitaires d’innovation (PUI) ont déclaré 5 711 nouveaux contrats en 2024. Seules 15 % à 20 % des entreprises innovantes coopèrent avec un acteur public, avec de fortes différences selon leur taille : 54 % des grandes entreprises externalisent une partie de leur R&D auprès du secteur public, contre 21 % des ETI et environ 11 % des PME. L’évaluation réalisée par la Cour met néanmoins en évidence une corrélation positive avec le niveau de dépenses internes de R&D, notamment pour les ETI et les micro-entreprises, ainsi qu’avec l’emploi des ETI. Entre 2014 et 2024, l’État a consacré près de 19 Md€ à la recherche partenariale, soit 1,7 Md€ par an en moyenne. La forte progression de l’effort consenti depuis le lancement du plan France 2030 (les dépenses ont été portées à 3 Md€ en 2024) n’a pas eu pour l’instant d’effet sur la dépense intérieure de recherche et développement des entreprises (DIRDE). Compte tenu du caractère encore récent de l’augmentation du soutien public à la recherche partenariale, cette situation peut aussi bien refléter une insuffisance de l’effet-levier des fonds publics qu’un décalage entre le lancement des projets et leur réalisation. La stimulation de la R&D des entreprises constitue cependant un enjeu majeur de la politique publique en faveur de la recherche et de l’innovation. En effet l’essentiel de la différence constatée entre la France et ses principaux concurrents, en particulier ceux qui, en Europe, ont atteint l’objectif fixé par la stratégie de Lisbonne de consacrer 3 % de leur PIB à la recherche et au développement, s’explique par la faiblesse de la R&D des entreprises.

De nombreux dispositifs de soutien à mettre au service d’une stratégie nationale
L’État a progressivement déployé un ensemble foisonnant d’aides à la recherche partenariale, associant financements budgétaires, dépenses fiscales, appels à projets et soutien à de nombreuses structures. Aux dispositifs généralistes, comme les LabCom, les chaires industrielles, les instituts Carnot ou les conventions industrielles de formation par la recherche (CIFRE), se sont ajoutés, sous l’effet des programmes d’investissements d’avenir puis de France 2030, des financements davantage dirigés vers des secteurs stratégiques, notamment la santé, le numérique, la décarbonation et la défense. Certains outils donnent des résultats encourageants : environ 60 % des LabCom sont pérennisés après la fin de l’aide, la quasi-totalité des chaires industrielles achevées poursuivent leurs collaborations et les CIFRE favorisent l’insertion des docteurs dans les entreprises. D’autres dispositifs restent toutefois peu attractifs, insuffisamment évalués ou mal articulés, à l’image du crédit d’impôt en faveur de la recherche collaborative, encore très peu mobilisé, ou de certains appels à projets dont les taux de succès sont trop faibles. Plus largement, ces aides se sont accumulées sans stratégie ni cohérence d’ensemble, dans un environnement complexe pour les chercheurs et les entreprises. Alors que les financements dirigés de France 2030 ne disposent d’aucune perspective au-delà de 2028, la Cour recommande de concentrer les crédits sur un nombre réduit de priorités nationales, définies avec le monde académique et les entreprises, et de privilégier les dispositifs cofinancés par le secteur privé. Elle appelle également à mieux articuler les aides nationales avec les financements européens et régionaux, à simplifier les appels à projets, à diversifier les modalités de soutien pour favoriser l’innovation de rupture et à développer le doctorat en entreprise.

Une organisation renforcée à articuler au service d’objectifs communs
Les organismes nationaux de recherche et les établissements d’enseignement supérieur ont progressivement développé des stratégies et des services dédiés aux relations avec les entreprises, avec des niveaux d’engagement très variables selon leur histoire et leur modèle. Le CEA concentre ainsi une part importante de l’activité partenariale, tandis que le CNRS, l’INRAE, l’Inserm ou l’Inria privilégient de plus en plus des coopérations durables et structurées. Depuis 2024, les 29 pôles universitaires d’innovation (PUI) s’efforcent de renforcer la coordination entre les acteurs d’un même site et d’accroître le nombre de projets issus de la recherche publique : ils visent collectivement 8 654 nouveaux contrats en 2027, soit une progression de 40 % par rapport à la moyenne observée entre 2019 et 2024. Ce maillage plus dense reste toutefois très fragmenté. Les services chargés des partenariats relèvent de nombreux opérateurs, universités, filiales ou structures de transfert, avec des procédures, des tarifs et des niveaux de service hétérogènes. Les moyens consacrés par les opérateurs à ces fonctions sont évalués à au moins 230 M€ en 2024, sans que leur efficience soit réellement mesurée, tandis que les délais de signature des contrats peuvent varier de trois mois et demi à neuf mois et demi selon les sites. Les financements temporaires accordés aux PUI, qui ont notamment permis de recruter plus de 450 agents, doivent s’achever en 2027. Cette échéance doit être mise à profit pour pérenniser leur fonctionnement partenarial, rationaliser l’organisation et développer des mutualisations adaptées aux besoins locaux, sans remettre en cause les services qui fonctionnent. La Cour recommande par ailleurs de refonder l’évaluation de la recherche partenariale, aujourd’hui trop centrée sur le montant des recettes contractuelles, autour de trois objectifs : accroître l’effet de levier des aides publiques sur la R&D privée, mieux mesurer leur impact sur l’économie et l’innovation et améliorer la qualité du service rendu aux chercheurs et aux entreprises.

L’indispensable adaptation de certaines règles de gestion pour inciter les chercheurs à travailler davantage avec les entreprises
Les réticences culturelles, réelles mais souvent surestimées, ne suffisent pas à expliquer le faible développement des relations entre la recherche publique et les entreprises. Celles-ci sont aussi freinées par la complexité de la gestion de la propriété intellectuelle et par des règles de carrière, de mobilité et de rémunération qui valorisent encore insuffisamment l’innovation. La généralisation annoncée d’un mandataire unique et de contrats-types doit permettre de réduire les délais de négociation et d’offrir aux entreprises un interlocuteur clairement identifié. La prise en compte des activités partenariales dans la carrière des chercheurs et enseignants-chercheurs demeure par ailleurs très inégale : elles sont fortement valorisées dans les établissements publics industriels et commerciaux, comme le CEA, mais plus faiblement dans les établissements publics administratifs, en particulier pour les enseignants-chercheurs. Les mobilités vers le secteur privé restent rares et les expériences acquises en entreprise sont peu valorisées au retour. La Cour recommande donc d’inscrire dans les codes de la recherche et de l’éducation la prise en compte des activités d’innovation, de valorisation, d’expertise et de coopération industrielle dans l’évaluation des chercheurs et enseignants-chercheurs. Elle appelle également les établissements à développer des accords d’intéressement collectif liés aux résultats de la recherche partenariale, aujourd’hui encore peu répandus. Enfin, les prestations ponctuelles de conseil constituent un moyen simple de multiplier les premiers contacts avec les entreprises, notamment les PME, mais leur cadre actuel est trop complexe et fréquemment contourné. La Cour recommande d’autoriser le recours au CDD d’usage pour ces activités, tout en renforçant leur déclaration, le contrôle déontologique et la protection des intérêts scientifiques et économiques nationaux. Ces mesures, qui n’impliquent aucune dépense publique supplémentaire, seraient de nature à améliorer l’efficacité de l’écosystème d’innovation et à augmenter la croissance potentielle de la France.