Depuis 2017, la France a cherché à développer une nouvelle modalité de financement de
la recherche en déployant des programmes de « recherche dirigée », au sein des programmes d’investissements d’avenir (PIA) puis du plan France 2030. Dans ce cadre, 3 Md€ de crédits ont été inscrits pour financer des programmes et équipements prioritaires de recherche (PEPR).
En décembre 2023, le Président de la République a annoncé que six organismes nationaux de recherche (ONR) se verraient confier la responsabilité de porter sept agences de programmes, officiellement lancées début 2024, pour élaborer des prospectives stratégiques, animer
les communautés de recherche et porter des programmes nationaux de recherche sur des thèmes jugés prioritaires pour la France au regard de leurs impacts économiques, sociaux, sanitaires
ou environnementaux. À la demande de la commission des finances de l’Assemblée nationale,
la Cour a réalisé une enquête sur la mise en place des agences de programmes. Le rapport qui en est issu analyse les conditions de constitution des agences, le contenu de leurs missions,
leur gouvernance, leur fonctionnement, leurs premières réalisations ainsi que leur pilotage
par l’État. La Cour formule huit recommandations visant à permettre à l’État et aux acteurs
de la recherche de tirer parti de l’opportunité que constitue cette réforme, dans un esprit d’efficacité, de responsabilité et de simplicité.
Les agences de programmes, un élément de réponse au déficit de pilotage stratégique de la recherche publique
La création des agences de programmes entend répondre aux difficultés rencontrées pour définir des orientations stratégiques pour la recherche et renforcer ses liens avec l’action publique. L’expérience des PEPR a conforté le consensus selon lequel il est nécessaire de doter la France d’une capacité à mener des programmes de recherche sur des sujets clés et de renforcer la capacité de pilotage de ces programmes. Dans le prolongement d’une recommandation figurant dans le rapport sur l’écosystème de la recherche et de l’innovation que le professeur Philippe Gillet a remis au Gouvernement en juin 2023, le Président de la République a, en décembre 2023, annoncé la création de sept agences de programmes, confiées à six organismes nationaux de recherche (ONR), sur des questions variées : climat et biodiversité (CNRS), composants électroniques (CEA), énergie (CEA), santé (Inserm), spatial (Cnes), agriculture et ressources (Inraé) et numérique (Inria). Les missions confiées aux agences de programmes s’articulent autour de trois priorités : proposer des programmes nationaux de recherche, établir
une prospective stratégique et animer les communautés de recherche dans leur champ thématique.
Alors que le Président de la République les avait présentées comme un vecteur de « transformation » des organismes nationaux de recherche, les agences de programmes ont été conçues
par le Gouvernement comme une mission nouvelles de ces organismes. Une ambiguïté demeure donc sur ce que l’État attend vraiment des agences de programmes en termes d’évolution de l’organisation de la recherche publique en France.
Un modèle de gouvernance et de fonctionnement novateur mais encore inabouti
La création des agences de programmes a été annoncée en décembre 2023 avec un objectif
de déploiement sous 18 mois. En juillet 2024, les ministres ont adressé aux dirigeants des organismes nationaux de recherche concernés des lettres de mission ouvrant une période de préfiguration d’un an, soit jusqu’en juillet 2025. Par souci de rapidité d’exécution, le Gouvernement a privilégié des solutions institutionnelles légères et demandé aux ONR d’exercer cette mission sans créer de nouvelles entités dotées de la personnalité morale. Les sept agences de programmes ont donc pris la forme de services non dotés de la personnalité morale, intégrés au sein des ONR, disposant d’un budget de fonctionnement propre et dirigés par un directeur exécutif. Cette solution implique de trouver un point d’équilibre entre l’optimisation de l’action de l’ONR au service de tout l’écosystème de recherche et le risque de perception d’un conflit d’intérêts.
Alors que la phase de préfiguration des agences de programmes s’est achevée mi-2025, elles doivent désormais monter en puissance en perfectionnant leur gouvernance et en se dotant de moyens suffisants pour remplir leurs missions. Ne disposant pas toutes de la même autonomie ni de la même maturité, les agences de programmes ont opté pour des stratégies d’organisation différentes, certaines très fortement intégrées, d’autres moins. La Cour propose des outils pour accompagner leur montée
en charge et garantir qu’elles remplissent de manière satisfaisante les missions que l’État leur confie.
Une montée en puissance des agences de programmes subordonnée à la levée de nombreuses incertitudes
Les agences de programmes ont répondu à la commande de l’État de proposer de nouveaux programmes dans des délais resserrés. Cependant, ces programmes ont été validés tardivement, du fait de l’instabilité politique, mais aussi d’une procédure excessivement lourde, qui doit donc être simplifiée. Quinze programmes ont été validés en juin 2025, et bénéficieront d’une enveloppe de 300 M€ réservée sur les crédits de la mission France 2030. Les programmes proposés contiennent peu d’appels à projets, ce qui constitue un élément de simplification appréciable. En revanche les frais de gestion et de gouvernance demeurent élevés et pourraient être modérés.
La recherche dirigée bénéficie depuis 2021 de financements importants, à travers les PEPR (2,45 Md€ engagés mi-2025) et, désormais, les programmes portés par les agences. Cependant les incertitudes entourant ce mode de financement, qui complète utilement les dotations de base allouées aux laboratoires et le financement de la recherche par le canal d’appels à projets compétitifs, devront être rapidement levées. Par ailleurs le lien entre la recherche et l’innovation doit être mieux pris en compte en confortant le rôle des acteurs économiques dans la conception, la validation, le financement et le suivi des programmes gérés par les agences.
